I spesielle separasjonsprosjekter brukes vannbehandlingsmembranteknologi hovedsakelig til materialkonsentrasjon, fargestoffrensing av avløpsvann og proteinseparasjon i biofarmasøytiske produkter. Nanofiltreringsmembran og elektrodialyseteknologier spiller en rolle i selektiv separasjon på disse feltene, for eksempel nanofiltrering for separering av stoffer med molekylvektsforskjeller og elektrodialyse for å håndtere syre- og alkaligjenvinning. Nedstrøms rensing i biofarmasøytiske produkter krever ultrafiltrering og mikrofiltrering for å fjerne virus eller celleavfall for å sikre produktets renhet og sikkerhet.